(三)设计阶段(design)

　　20世纪60年代至今在这期间，恶性肿瘤、心脑血管疾病和免疫性等疾病的药物研究与开发遇到了困难，按以前的方法与途径研究开发，成效并不令人满意。

　　物理化学和物理有机化学，生物化学和分子生物化学的发展，精密的分析测试技术如色谱法、放射免疫测定、质谱、核磁共振和X-线结晶学的进步，以及电子计算机的广泛应用，为阐明作用机理和深入解析构效关系准备了坚实的理论和强有力的实验技术，使药物化学的理论与药物设计的方法和技术不断地升华和完善 . 1964年Hansch和藤田以及Free-Wilson同时提出了定量构效关系的研究方法，成为药物化学发展的新的里程碑。

　　此外，用计算机辅助研究药物在体内的过程，从整体水平上为研究设计新药提供了新的方法和参数，体内微量内源性物质如花生四烯酸及其代谢物，以及受体激动剂和拮抗剂的设计与合成，离子通道的激动剂和阻滞剂的发现，前药原理和软药原理的广泛应用等，都在一定程度上把药物化学提到了新的水平。现代药物化学以分子生物学及计算机科学为支撑，表现出以下特点： 以受体、酶、核酸、离子通道为药物作用的靶点。

　　药物化学及新药研究中的也遭受了挫折，给予我们惨痛的教训。

　　二十世纪六十年代，镇静药沙利度胺(Thalidomide，反应停)事件，孕妇服用后，可减轻妊娠呕吐反应。服用后发现，所生婴儿为缺乏上肢，手掌直接连在肩上的畸胎(海豹儿)。

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